据有关研究测定，粪便中散发气味的气体约由120种化合物构成，其中主要成分有氨、二氧化氮、硫化氢、二氧化碳、甲烷、甲基硫醇、三甲基氨、醇、醛、醚和粪臭素等气体。恶臭气体会直接影响鸡的健康，下降产肉、产蛋性能和抗病力。同时，难闻的异味和有害气体会影响工作人员的健康及工作效率。并且污染土壤、水源。
未经处理的鸡粪和污水如直接排放进人附近的水域或深人地下，将使土壤、地面和地下水受到污染。使地表水溶解氧含量下降，硫化氢等有毒、有害物质含量增加，这样的水用于农田灌溉，可使作物晚熟或不熟，受害作物甚至出现大面积腐烂，造成减产或绝收。污水渗人地下，使地下水源恶化，水质变坏，危害人、畜健康。
带病鸡及其粪便和死鸡如不经处理，则变为传播疾病的传染原。鸡舍内的污染物是致病细菌和真菌传播的载体；尘埃和空气可加快这些病原体的传播。污染物中的寄生虫体、虫卵，以及滋生的蚊蝇，可使病原菌种类、数量增大，寄生虫的大量繁殖和污染，会造成传染病和寄生虫病的蔓延。在大面积暴发流行时，将给养鸡业带来灾难性的危害。
